Teofilatto, figlio di Albertico III conte di Tuscolo, nasce nei primi anni dell'XI secolo d.C. non possediamo maggiori informazioni sulla vita di questo giovane, la maggior parte delle indicazioni ci arrivano solamente successivamente alla sua elezione a pontefice.

Il padre pone il giovane a fare il Vescovo di Roma alla morte di Giovanni XIX, facendogli occupare questo ruolo in giovane età (su questo tutte le fonti sono concordi), nel 1032. Le fonti non sono unanimi ma possiamo dire, in maniera abbastanza convinta, che Teofilatto fosse divenuto pontefice tra i 18 e i 20 anni, attestando in questa maniera la data della sua nascita intorno al 1010/1012.

Non risulta essere stato un grande pastore di anime, ma sicuramente un politico molto legato alla figura dell'imperatore, Corrado II, e soprattutto interessato principalmente alle ricchezze e all'importante ruolo internazionale che il ruolo di pontefice offriva.

Per aiutare immediatamente l'imperatore provvede a scomunicare il suo avversario Ariberto di Milano.

Benedetto IX vorrebbe proseguire la sua politica filo imperatore anche con il successore di Corrado II, ovvero con Enrico III, ma non tutto va per il verso voluto dal pontefice.

Inizialmente i rapporti sembrano essere ottimi, infatti il papa accetta che l'imperatore abbia un secondo matrimonio con Agenese di Poitou e soprattutto lascia che Enrico III si occupi anche di cariche ecclesiastiche.

La sua fortuna cambia quando il pontefice condanna Eberardo, il patriarca di Aquileia. In questa maniera Benedetto IX perde il favore imperiale, e con il rovinarsi del rapporto gli viene tolto anche il soglio di vescovo di Roma.

Viene infatti spodestato, nel 1044, da una rivolta guidata dalla famiglia romana dei Crescenzi, che elessero a Papa Giovanni, vescovo di Sabina, che diviene pontefice con il nome di Silvestro III.

La situazione diviene caotica perché nell'XI secolo le famiglie nobili romane decidevano spesso il destino dei pontefici: così i Tuscolani riescono a deporre Silvestro III. Nonostante ciò, a fronte della situazione, Benedetto IX decide di vendere per oro la propria carica a Giovanni Graziano, che diverrà pontefice con il nome di Gregorio VI. In ogni caso, per un breve periodo, ci sono stati contemporaneamente addirittura 3 pontefici.

In questa confusione viene convocato un sinodo dei vescovi a Sutri. In questo incontro vengono deposti i 3 che si contendono il papato, nominando come pontefice Clemente II.

Alla morte di Clemente II, sul finire del 1047, Benedetto IX torna a Roma e sale nuovamente sul soglio pontificio. Qui però resta per pochi mesi, ovvero intorno alla metà del 1048, quando le truppe imperiali lo costringono a dimettersi e a lasciare il campo a Damaso II.

Da questo momento in poi non si hanno ulteriori informazioni sulla fine dell'ex pontefice, né tantomeno siamo a conoscenza della data del decesso e del luogo della sepoltura.